Murieron 12 turistas de nacionalidad mexicana y egipcia, y otros 10 resultaron heridos.
Confundieron los vehículos en los que viajaban con los de terroristas.
La cancillería se encuentra en proceso de identificar y confirmar los nombres de los fallecidos.
Las fuerzas de seguridad egipcias mataron "por error" al menos a 12 turistas de nacionalidad mexicana y egipcia, e hirieron a otros 10, al confundir los vehículos en los que viajaban con los de terroristas, informó el Ministerio de Interior.
En un comunicado emitido poco después de la medianoche, el Ministerio aseguró que una patrulla conjunta de la Policía y el Ejército estaba persiguiendo a "elementos terroristas" en la región del desierto occidental, a la que está prohibido acceder.
El Ministerio no especificó cuántos ciudadanos mexicanos se encuentran entre las víctimas mortales.
En la nota, Interior aseguró que ha iniciado una investigación acerca de lo sucedido y sobre la presencia de las víctimas en una zona restringida.
En esa región de Egipto se realizan viajes turísticos para visitar los oasis, aunque en los últimos años se ha limitado este itinerario por motivos de seguridad.
La cercanía con la frontera de Libia ha facilitado el tráfico de armas y las autoridades egipcias no han conseguido controlar este territorio desértico, donde se han registrado ataques contra las fuerzas de seguridad.
Presidente de México condenó ataque
El presidente de México, Enrique Peña Nieto, condenó el ataque de fuerzas de seguridad egipcias a turistas mexicanos.
"México condena estos hechos en contra de nuestros ciudadanos y ha exigido al Gobierno de Egipto una exhaustiva investigación de lo ocurrido", expuso el mandatario esta noche en un mensaje difundido a través de la red social Twitter.
En un mensaje anterior, dijo que "en un trágico incidente en Egipto, turistas mexicanos fueron atacados. Lamento profundamente que connacionales hayan perdido la vida".
"He indicado a la SRE (Secretaría de Relaciones Exteriores) incrementar nuestro personal diplomático en aquel país, para auxiliar a las víctimas y a sus familiares", añadió.
México condena estos hechos en contra de nuestros ciudadanos y ha exigido al gobierno de Egipto una exhaustiva investigación de lo ocurrido.
— Enrique Peña Nieto (@EPN) septiembre 14, 2015
Proceso de identificar nombres de los fallecidos
La canciller mexicana, Claudia Ruiz Massieu, exigió al embajador de Egipto en México una investigación a fondo y explicación del incidente, informó la cancillería mexicana.
La Secretaría de Relaciones Exteriores (SRE) informó en un comunicado que "hasta el momento, lamentablemente se tiene confirmado el fallecimiento de dos nacionales mexicanos producto de este incidente".
La cancillería se encuentra en proceso de identificar y confirmar los nombres de los fallecidos, precisó.
"La Secretaría de Relaciones Exteriores informa, en relación con el grave incidente ocurrido en Egipto, en circunstancias todavía no aclaradas, que un grupo de turistas entre los cuales se encuentra un número indeterminado de nacionales mexicanos fue atacado en el desierto al sudoeste de ese país", indicó el boletín.
Añadió que el embajador de México en Egipto, Jorge Álvarez Fuentes, y personal consular de la embajada se encuentran en el Hospital Dar-el-Fouad, en un suburbio al oeste de El Cairo, atendiendo a los mexicanos afectados.