Uno fue sentenciado a la horca por matar a siete familiares y los otros dos por cometer robos con asesinatos, los tres casos ocurridos a inicios de los 2000.
El país nipón tiene un centenar de presos a la espera de que se les aplique la pena capital.
La parlamentaria del partido gobernante Mio Sugita afirmó que las comunidades de la diversidad sexual "no contribuyen a la prosperidad de la nación".
Más de 26 mil firmas fueron enviadas hasta la sede del PLD, partido del primer ministro japonés, Shinzo Abe.
Bajo la ley de protección eugenésica, Japón intervino a 25 mil personas por enfermedades mentales o genéticas entre 1948 y 1996.
La denuncia, presentada en el Tribunal del Distrito de Sendai, señala que la normativa era inconstitucional.
Sobrevivientes de la tragedia afirmaron que fueron forzadas a ser esclavas sexuales para los soldados japoneses durante la guerra.
Informe del Ministerio de Justicia nipón detalló que el año pasado hubo 463 casos de violaciones a los derechos fundamentales más que en 2002.
