Ali Ngulde, el comandante del grupo terrorista, ordenó degollar a las mujeres, asegurando que tenían responsabilidad en la muerte de sus hijos.
Boko Haram y el Estado Islámico han asesinado a más de 35 mil personas en la zona.
"Asaltaron las comunidades, un mercado, y mataron a tiros a las víctimas: algunas eran mujeres y niños", detallaron desde el Comité para la Defensa de los DDHH.
Se afirmó también que la masacre "no fue provocada".
El Ejército aseguró que tuvo éxito en esos rescates gracias a una intensa campaña militar contra Boko Haram que ha conseguido "eliminar" a algunos de sus líderes y combatientes.
Para el analista de seguridad Isaac Olawale, tras la muerte del líder de Boko Haram "las niñas simplemente intentan correr hacia un lugar seguro y están siendo encontradas".
Se encontraban retenidos bajo la promesa de "la segunda venida de Jesús".
Varios de los afectados, que incluía a 26 menores de edad, estaban en el lugar por voluntad propia.
Después de la confesión de los acusados el magistrado decidió imponer esa pena a los tres hombres de 20, 30 y 70 años de edad.
La homosexualidad está perseguida en Nigeria, se considera un delito que conlleva penas de prisión de hasta 14 años en las zonas menos extremas.
Hombres armados no identificados, disfrazados de miembros de la congregación, dispararon y usaron explosivos en el templo el último domingo.
"Pase lo que pase, este país nunca se rendirá ante la gente malvada, y la oscuridad nunca vencerá a la luz", advirtió el presidente Muhammadu Buhari, que condenó la masacre.
Las autoridades informaron que "23 personas han sido rescatadas con vida, incluyendo siete niños y 16 adultos", mientras los muertos incluyen cinco hombres y tres mujeres.
Un grupo de "bandidos" asoló varias localidades del estado de Zamfara.
"Tras un duro enfrentamiento con los agentes de guardia, los invasores consiguieron entrar en el patio, utilizando dinamita para volar el muro", informaron las autoridades.
El país ha sufrido varios ataques similares a centros penitenciarios en el último tiempo.
Esto tras acusar censura contra su presidente Muhammadu Buhari.
Twitter explicó que el tuit del mandatario violaba sus normas, que prohíben contenido que incite o promueva violencia.
La muerte fue confirmada por el grupo yihadista Estado Islámico de la Provincia de África Occidental.
La entidad internacional manifestó a las autoridades nigerianas que urge la necesidad de salvaguardar las escuelas para evitar futuros secuestros.
Nigeria ha sufrido diferentes secuestros de este tipo, en donde delincuentes comunes o grupos armados realizan estas acciones con el fin de recibir un pago por los rescates.
Las estudiantes fueron raptadas en la madrugada del pasado viernes en una escuela pública femenina del estado de Zamfara, en el noroeste del país africano.
"Me alegro de que su terrible experiencia haya llegado a un final feliz sin ningún incidente", dijo el presidente nigeriano, Muhammadu Buhari.
Testigos dicen que el crimen fue cometido por un grupo de hombres armados y con uniforme.
Las autoridades locales no han confirmado el número exacto de niñas raptadas, pero esta clase de hechos son repetitivos en el país africano.
